Varisella è collocata in Val Ceronda ed il territorio comunale occupa tutta la testata della valle. Il comune è limitato dal crinale spartiacque nel tratto compreso tra il Monte Druina e il Monte Bernard; verso nord il confine è rappresentato dalla Costa Druina, dal Rio Rumello e dal torrente Ceronda, mentre la porzione nord-orientale del territorio comunale è chiusa dal Rio delle Mosche. È bagnato dal torrente Ceronda e dai suoi affluenti, e comprende le seguenti cime (in senso orario): Monte Bernard - 1.079 m Punta Fournà - 1.131 m Monte Lera - 1.368 m Monte Colombano - 1.658 m Monte Roc Neir - 1.542 m Monte Druina - 1.517 m.

  Il centro comunale è collocato a 514 m s.l.m. in posizione dominante sulla sinistra orografica del torrente; a monte si trovano le frazioni di Ramai (592 m s.l.m.) e Moncolombone (568 m s.l.m.) mentre più a valle, piuttosto defilato sulla destra del corso d'acqua, sorge il piccolo nucleo di Baratonia (460 m s.l.m.). A cavallo del crinale che separa Varisella dalla conca di Givoletto si trova la Riserva naturale integrale della Madonna della Neve sul Monte Lera.